島と本島を結ぶフェリーである以上、避けて通れないのが天候悪化による影響です。特に7月〜10月の台風接近時や、冬場（12月〜2月）の強い冬型気圧配置による北風と高波の時期は、伊江島フェリーの運航状況が不安定になりやすく、欠航や条件付き運航が発生します。
その日の第1便が運航するかどうかの公式判断は、毎朝7時30分前後に発表されます。波の高さが3メートルを超えてくると欠航リスクが跳ね上がり、海上のうねりの向きによっては出航が見合わされることもあります。
当日のリアルタイムな運航情報は、伊江村公式ホームページの運行速報ページや、公式案内ダイヤル（自動音声案内）で随時発信されています。天候が崩れそうな日は、ホテルを出発する前に必ず最新ステータスを確認してください。
万が一、乗船予定の便が欠航となった場合、購入済みの乗船券や車両航送券は全額無手数料での払い戻し、または別便・別日への振替対応が行われます。復路便の欠航が予想される場合は、島からの脱出が困難になる「島閉じ込め」を回避するため、早めの便に切り替えて本島へ戻る柔軟な判断が求められます。
