この修羅場を決着させたのは、「鬼の副長」土方歳三率いる別動隊の電撃的な突入だった。鴨川沿いを探索していた土方は、戦闘の気配を察知するや否や池田屋へ急行。建物の周囲を完全に封鎖し、逃走を図る浪士たちを次々と仕留めていった。この冷静な包囲網の形成こそが、近藤隊の壊滅を防ぎ、作戦を決定的な勝利へ導いた要因である。
興味深いのは、事態がほぼ鎮圧された後に駆けつけた京都守護職・会津藩や桑名藩の兵たちに対する土方の冷徹な対応だ。手柄を横取りしようとする大名勢力に対し、土方は現場への立ち入りを断固として拒絶した。身分の低い壬生浪士と見下されていた新選組が、幕府正規軍に対して明確に主導権を握った瞬間であり、彼らの政治的地位を一気に押し上げる契機となった。