放送前からネット上を賑わせている「『御上先生』実話説」の発端は、主人公の設定が極めてリアルかつ生々しい点にあります。中央省庁のエリート官僚が地方の教育困難校や制度疲労に喘ぐ公立進学校へ送り込まれ、組織の闇を内部から暴いていくという筋立てに対し、5ちゃんねるやX（旧Twitter）では「実在する文科省改革派官僚の手記が原作ではないか」「民間校長として赴任した実業家の体験談がモデルなのではないか」といった推測が飛び交いました。
キー局編成担当者および制作関係者への取材によると、本作は特定の個人や事件をそのまま描いたドキュメンタリー的実話ではありません。しかし、完全に浮世離れしたフィクションでもなく、平成から令和にかけて実際に起きた複数の教育改革プロジェクト、官民人事交流の裏側、さらには文部科学行政の構造的矛盾を取材班が綿密にリサーチした「事実に基づくオリジナル脚本」であることが確認されています。
主人公が放つ鋭利な台詞の端々には、元官僚や現場教員へのデプスインタビューで得られた肉声が色濃く反映されています。公の場で行われた制作記者会見でも、スタッフは「制度を作った側の人間が、制度によって押し潰されそうな現場に身を投じたときに何が起きるのかを突き詰めた」と述懐しており、この徹底した取材主義こそが「実話ではないか」と視聴者に錯覚させる最大の要因となっています。
