ジャイアント馬場さんの逝去後、団体運営の方針を巡る対立から、三沢さんは大きな決断を下します。2000年6月、全日本プロレスを離脱し、所属選手のほぼ全員とスタッフを引き連れてプロレスリング・ノアを旗揚げしました。
団体名「NOAH（ノア）」には、旧態依然とした体制から脱却し、選手とファンが共に舟に乗って新しい時代へ漕ぎ出す「箱舟」の願いが込められていました。同年8月5日、ディファ有明で行われた旗揚げ戦には徹夜組を含む数千人のファンが押し寄せ、会場に入りきれない人々が外に溢れる社会現象となったのです。
三沢さんは社長として団体の舵を取りながら、初代GHCヘビー級王者としてリング上でも先頭に立ち続けました。日本テレビでの地上波中継枠を獲得し、2004年と2005年には東京ドーム大会を成功させるなど、ノアを業界のトップ団体へと押し上げます。しかし、その華々しい躍進の裏で、三沢さんの肉体は度重なる激闘と経営者としての心労により、限界へと近づいていました。
