京都御苑は、京都屈指の花の名所・紅葉スポットとしても知られています。広大であるため、市内の主要観光地に比べて比較的ゆったりと鑑賞できる点が大きなメリットです。
春の主役といえば、苑内北西部に位置する「近衛邸跡の糸桜（いとざくら）」です。五摂家の一つであった近衛家の邸宅跡には、約60本のシダレザクラが植樹されており、京都の桜シーズンの中でもひときわ早く3月中旬〜下旬に見頃を迎えます。薄紅色の花が優美に枝垂れる姿は圧巻の一言です。
秋になると、御所東側の巨大なイチョウの黄葉や、苑内各所のモミジが美しく色づきます。特に苑内北東の「母と子の森」周辺や、南西部の「出水の小川」付近は、混雑を避けて秋の風情に浸れる紅葉の穴場として写真愛好家からも高い支持を集めています。
