白骨化した遺骨と遺留品が発見されたことで事態は「行方不明者の捜索」から「死因および経緯の解明」へと移行しました。しかし、遺体の状況は風化が進んでおり、司法解剖を経ても明確な死因は不詳のままとなっています。山梨県警は現在に至るまで、「事故(道迷い・滑落・野生動物)」と「事件(連れ去り等の第三者関与)」の両面から捜査を継続しています。
事故説における最大の論点は、「当時小学1年生の女児が、なぜ大捜索網をかいくぐり、険しい崖や枯れ沢の奥深くまで一人で移動できたのか」という点です。発見現場となった枯れ沢は、大人の足でも登攀が困難な急斜面や倒木が点在するエリアであり、初動捜索の捜索範囲の境界付近に位置していました。子どもがパニック状態に陥って獣道や尾根を登り、方向感覚を失って沢へ滑落した可能性が指摘されています。
一方で、第三者の関与を疑う事件説の根拠としては、発見されたスニーカーの状態や、初動捜索時に捜索犬やヘリが反応しなかった点が挙げられます。キャンプ場周辺の林道や国道413号(道志みち)へのアクセスルートにおいて、不審車両や人物の目撃情報が乏しいことも謎を深めています。山梨県警は発見場所周辺の土壌分析や遺留品の付着物鑑定を徹底して行いましたが、現時点で決定的な犯行の証拠や犯罪事実を裏付ける痕跡は公表されていません。