交通系ICカード全国相互利用サービスにより、Suicaを関西の私鉄や地下鉄（Osaka Metro、阪急、阪神など）でタッチして通過することや、ICOCAを首都圏のJR山手線や東京メトロでそのまま使うことは完全に可能です。コンビニエンスストアや飲食店での決済に関しても、全国で全く同一の感覚で利用できます。
しかし、鉄道現場で最もトラブルが多発しているのが「エリアまたぎ（跨ぎ）利用の制限」です。
交通系ICカードは、原則として「同一エリア内での完結利用」を前提に設計されています。そのため、異なるJR会社のエリアを在来線でまたがって利用することはできません。例えば、以下のようなケースでは自動改札を通過できなくなります。
- 東海道本線の会社境界：熱海駅（JR東日本・Suicaエリア）から函南・三島駅（JR東海・TOICAエリア）へ在来線でまたぐ場合
- 東海道・山陽本線の境界：米原駅（JR東海・TOICAエリア）から京都駅（JR西日本・ICOCAエリア）へ在来線で移動する場合
改札口の駅係員や鉄道関係者への取材によると、「全国で相互利用できるのだから、東京から大阪まで在来線を乗り継いでもICカード1枚で出られるはずだ」と誤認して長距離を移動し、下車駅の改札で扉が閉まって駅員窓口に長蛇の列ができるケースが依然として後を絶ちません。会社境界をまたいで乗車してしまった場合、下車駅の有人改札で全区間の運賃を用紙処理にて現金等で精算し、カードの入場記録を解除する処理が必要になります。
なお、東海道・山陽・九州新幹線を利用する場合は、エクスプレス予約や「スマートEX」にSuicaまたはICOCAの裏面番号（あるいはモバイルアプリ上のICカード番号）を紐付けることで、新幹線改札機にタッチするだけの完全チケットレス乗車が可能です。新幹線経由であればエリアまたぎの制限を受けずにスムーズに東西を行き来できます。
