臨床の現場で最も緊迫するのが、悪性腫瘍（がん）との鑑別だ。特に自己免疫性膵炎は、画像診断において膵臓がんや胆管がんと極めて酷似した陰影を示す。過去には、がんを疑われて大がかりな開腹手術を受けた結果、切除組織を調べて初めて良性のIgG4病変だったと判明する悲劇が世界中で頻発していた。
現在では内視鏡技術や生検技術の向上により、超音波内視鏡下穿刺吸引細胞診（EUS-FNA）などを用いた精密な組織採取が可能となっている。組織内に著明なリンパ球とIgG4陽性形質細胞の浸潤、そして花むしろ状と呼ばれる特徴的な線維化（storiform fibrosis）や閉塞性静脈炎が確認できれば、過度な外科手術を回避して内科的治療へと舵を切ることができる。
不要なメスを入れずに済むかどうかは、医師がこの疾患を鑑別診断の選択肢として想起できるかにかかっている。誤診の恐怖と隣り合わせの現場において、正確な知識と技術の普及が患者の身体的負担を劇的に減らしている。
