大根栽培において栽培者を悩ませるトラブルの筆頭が「股根（二股・奇形）」「肥大不良（太らない）」「す入り（鬆入り）」の3点です。これらは決して運や偶然ではなく、植物生理学に基づいた明確なメカニズムによって引き起こされます。
まず、大根の股根の原因は、種から発芽した直後に地中深長へ伸びていく主根の先端（根端分裂組織）が物理的・化学的な障害物に衝突することにあります。大根は直根性作物であり、根の先端が小石や硬い土の塊、あるいは高濃度の肥料に接触して傷つくと、生長点が破壊されて側根が異常発達し、二股やタコ足状に変形します。
次に、大根が太らない理由としては、過密植による競合と「葉勝ち（つるボケ）」が挙げられます。大根は光合成によって葉で生成した同化養分を根に蓄積して太くなりますが、株間が狭すぎると隣り合う葉が重なり合い、受光量が著しく低下します。さらに、土壌中の窒素成分が過剰になると、地上部の葉ばかりが生い茂り、地下部の根肥大に必要な炭水化物の転流が滞って細いまま収穫期を迎えてしまいます。
そして、食感を著しく損なう大根のす入り対策を理解するには、組織老化のプロセスを知る必要があります。す入りとは、根の内部組織の細胞肥大に養水分の供給が追いつかなくなり、細胞間隙が広がってスポンジ状の空洞ができる現象です。主な要因は「収穫適期の遅れ」「生育後期の高温・乾燥」「葉の過繁茂による過剰な呼吸消費」です。特に秋まき大根を冬場に長期間畑に放置すると、糖分が消費されてす入りが急激に進行します。
