義務教育の最終ステージとして、卒業後の進路選択は保護者にとって最大の関心事の一つです。琴海中学校では、1年次からの基礎学力定着を土台に、3年次には定期的な実力テストや三者面談を通じて、手厚い進路指導を展開しています。
主な進学先としては、長崎北高校、長崎西高校、長崎東高校、長崎南高校などの公立上位進学校をはじめ、長崎商業高校や長崎工業高校といった専門学科・実業系高校まで多岐にわたります。生徒それぞれの適性や将来の夢に応じた進路マッチングが行われており、無理のない確実なステップアップを後押ししています。
また、市内および近郊の私立高校（海星高校、長崎日大高校、創成館高校など）への専願・併願推薦枠の活用も盛んです。放課後の学習会や長期休暇中の補習など、学力向上に向けたバックアップ体制も整っており、高い進路決定率を維持しています。
