島へ上陸しても、すぐにデオキシスが姿を現すわけではありません。中央に鎮座する謎めいた「黒い三角形の岩」のパズルを解く必要があります。
このパズルは、岩に話しかけるごとに位置が移動し、「最短歩数（無駄な移動や立ち止まりなし）で岩を追いかけて調べる」を繰り返す仕組みです。手順を誤ると岩が元の位置に戻り、最初からやり直しになります。正確に最短ルートで調べ続けると、岩は次第に赤く変色し、最後には激しく振動して粉々に砕け散り、上空からデオキシスが舞い降りて戦闘に突入します。
戦闘時におけるデオキシス捕獲のコツは、開幕の猛攻をどう凌ぐかにあります。特に専用技「サイコブースト」は威力140を誇る超強力なエスパー技であり、こちらのポケモンのHPを一瞬で消し去る危険を孕んでいます。
捕獲率自体も非常に低く設定されているため、「みねうち」でHPを1まで削りつつ「でんじは」や「さいみんじゅつ」で状態異常にするのは必須事項です。アタックフォルムの圧倒的な火力を耐え凌ぐため、エスパー技を半減以下にできる「あくタイプ」や「はがねタイプ」の高耐久ポケモンを先頭に据えてハイパーボールやタイマーボールを投じるのが定石でした。
