本作を真に理解するための鍵は、「母子分離のイニシエーション（通過儀礼）」と「無条件の受容」にあります。
宗介は母・リサを「お母さん」ではなく名前で呼び、強い愛情で結ばれていますが、物語の過程で母の手を離れ、自らの足で困難な航海を進まなければならなくなります。ポニョという異形の存在を「どんな姿であっても好きだ」と誓う行為は、他者の不完全さや未知なるものを受け入れる精神的成長の極致です。
大人の視点で見れば、大洪水や古代魚、死の匂いが漂う描写に恐怖や不気味さを覚えるのは自然なことです。しかし、子どもたちにとって海に沈んだ街は、ボートで自由に探検できる最高に魅力的な遊び場に映ります。「大人が見ると背筋が凍り、純粋な子どもが見ると圧倒的な祝祭に見える」という二重構造こそが、宮崎駿監督が仕掛けた最大の芸術的マジックなのです。
