京浜東北線がこれほどまでに遅延しやすい最大の要因は、その走行距離の長さと過密な運行スケジュールにある。埼玉県の大宮駅から神奈川県の大船駅までを結ぶ全長83.9kmのルートは、都心の主要ターミナルを直核で繋ぐ利便性を持つ反面、どこか一箇所でトラブルが起きれば全線へ波及する致命的な脆弱性を抱えている。
さらに、横浜駅から大船駅間での根岸線への直通運転、上野東京ラインや山手線との並行走行など、他路線との複雑な接続が混乱に拍車をかける。「山手線との並走区間（田端〜田町間）では、片方の遅延がもう片方の安全確認を呼び起こす。相互の安全装置や運行管理システムが過敏に反応し合うことで、小規模な遅れが数分後には全線運転見合わせという大打撃に膨れ上がる」と、鉄道アナリストは指摘する。
2026年現在、自動列車運転装置（ATO）の導入やデジタル信号化が進められているものの、一度乱れたダイヤを修復するまでの「復旧力」は、高密度運行ゆえに極めて低いままだ。
