科学者たちの疑念が確信に変わったのは、2000年代以降の研究集積による。臨床栄養学の領域において、トランス脂肪酸の常用が及ぼす生体内メカニズムが次々と解明された。
悪玉（LDL）コレステロールを上昇させるだけなら、飽和脂肪酸と同じだ。問題は、トランス脂肪酸が善玉（HDL）コレステロールまで低下させてしまう点にある。血管壁への脂質沈着を促進し、結果として冠動脈疾患や心筋梗塞のリスクを著しく跳ね上げることが疫学調査で裏付けられた。予防医学の観点からも、この人工的な脂質に対する危機感は一気に高まった。
