奥戸総合スポーツセンターの中核をなすのが、本館内にあるトレーニングルーム（ジム）と別棟の温水プール館です。公営施設ならではの圧倒的な低価格設定が魅力であり、区内在住・在勤者を問わず誰でも同一料金で利用できるオープンな運営体制が敷かれています。
トレーニングルームの利用料金は大人1回300円（高校生以上）。時間制限は設けられておらず、退館するまで自分のペースでワークアウトに専念できます。定期的に通う方向けには、さらにお得なプリペイドカードや回数券も券売機で販売されています。
初めてトレーニングルームを利用する際には、安全管理と機器の破損防止を目的とした初回講習（利用登録ガイダンス）の受講が必須です。ガイダンスは専門のインストラクターが常駐する時間帯に随時または定時で開催されており、所要時間は約15分から20分程度。館内ルール、有酸素マシンやウェイトスタックマシンの安全な操作法、フリーウェイトエリアの利用マナーについて説明を受けます。受講後に「トレーニングルーム利用登録証」が発行され、次回以降は券売機で利用券を購入して提示するだけでスムーズに入室可能です。
初回講習を受ける際の必須アイテムは以下の3点です：
- 運動に適したウェア（伸縮性のあるTシャツ・ハーフパンツ等）
- 室内専用トレーニングシューズ（土足厳禁）
- 身分証明書（運転免許証・保険証・マイナンバーカード等）
一方、温水プール館は大人2時間300円、小中学生100円、未就学児無料という破格の設定です。日本水泳連盟公認の25mメインプール（水深1.2m〜1.4m）に加え、初心者やリハビリにも最適な流水プール、幼児用プール、採暖ジャグジーが完備されています。利用時はスイミングキャップの着用が完全義務化されており、水着・キャップ・タオルの持参が必要です（受付でのキャップ販売あり）。
