車でのアクセスが中心となる岐阜県大垣市エリアにおいて、イオンモール大垣の駐車場環境は非常に優れています。平面駐車場と屋上駐車場を合わせて約2,600台分の無料駐車スペースが確保されており、駐車料金を気にすることなくゆっくりと滞在を楽しむことができます。
国道258号線からのアクセスも良好ですが、土日祝日の夕方や特売日には周辺道路が一時的に混雑することがあります。混雑時は店舗東側や屋上駐車場を利用すると、出入りが比較的スムーズになるためおすすめです。
公共交通機関を利用する場合、JR大垣駅南口のバスターミナル（3番のりば）から名阪近鉄バス「イオンモール大垣」行きが運行しています。日中も一定の本数が確保されており、乗り換えなしでモール正面のバス停留所まで直行できるため、学生や車の運転をしない高齢者層にとっても利便性の高い移動手段となっています。
