臨海工業地帯のライフラインである水島臨海鉄道は、通勤ラッシュ時の混雑傾向も極めて特徴的です。水島臨海鉄道の混雑状況（通勤時間帯）は、朝7時15分から8時15分頃にかけての下り（倉敷市発・水島/三菱自工前行き）がピークに達します。
地方私鉄としては珍しく、朝は「郊外へ向かう下り列車」が超満員となり、夕方17時半から19時台は「倉敷市へ戻る上り列車」が激しい混雑を見せます。編成両数は朝夕のラッシュ時を中心に2両編成へ増結されるものの、座席の確保は難しく、ドア付近に人が密集する首都圏並みの光景が見られます。
一方、水島臨海鉄道の運行状況と遅延リスクに関しては、全線が独立した専用軌道であり踏切事故などを除けば日常的な遅延は極めて少ない路線です。ただし、単線区間での列車行き違い（交換待ち）が発生するため、一度ダイヤが乱れると上下線ともに玉突きで10〜15分程度の遅れが生じやすい特性を持っています。運行の突発的な乱れは駅の案内放送や公式ウェブサイトの告知で速やかに発信されます。
