普段の六道珍皇寺は、境内への立ち入りは自由ですが、本堂内部や庭園の井戸、数々の寺宝は通常非公開となっています。冥土通いの井戸を間近で鑑賞し、本堂へ上がるためには、春・秋・お盆などに開催される「特別寺宝公開（特別拝観）」のタイミングを狙う必要があります。
2026年の特別公開では、国指定重要文化財の「薬師如来坐像」をはじめ、室町時代の絵師によって描かれた迫真の「熊野観心十界曼荼羅」、小野篁ゆかりの寺宝が一堂に会します。特別公開時の標準的な参拝スペックは以下の通りです。
【拝観基本データ（2026年目安）】
・通常参拝時間：9:00〜16:00（境内自由／閻魔堂は格子越しに随時拝観可能）
・特別公開時の拝観時間：10:00〜16:00（受付終了 15:30）
・特別拝観料金：大人（高校生以上）1,000円／中学生以下 500円（※寺宝保護のための維持協力金含む）
・見学時の注意点：本堂内および庭園奥の撮影は文化財保護のため原則禁止されています。指示看板や寺僧の案内に従ってください。
