ショートニングが「健康に悪い」と批判される最大の原因は、製造過程で副産物として発生するトランス脂肪酸にあります。
かつて液体油を固形化する際、工業的に水素添加を行う過程で大量のトランス脂肪酸が生成されていました。トランス脂肪酸を過剰に摂取し続けると、悪玉（LDL）コレステロールを増やし善玉（HDL）コレステロールを減らすため、冠動脈性心疾患などのリスクを高めることがWHO（世界保健機関）などによって指摘されています。これが「ショートニングは危険」というイメージの根源です。
しかし、現在の日本の食品業界における実態は大きく変化しています。2010年代以降、国内主要油脂メーカーは製法の改良を進め、水素添加技術の見直しや分別パーム油の活用により、トランス脂肪酸低減ショートニングの開発・普及を急速に進めました。
農林水産省の調査や各メーカーの公開データによると、現在の主要な業務用ショートニングに含まれるトランス脂肪酸含有量は、製品100g中あたり1g未満〜数g程度にまで激減しています。これは一般的な天然のバターに含まれるトランス脂肪酸量（100g中約2g前後）と同等、あるいはそれ以下の水準です。
現在の国内大手流通商品に関して言えば、「ショートニング＝高トランス脂肪酸で危険」という構図は過去のものとなりつつあります。とはいえ、油脂である以上カロリーは高く、脂質の過剰摂取自体が生活習慣病のリスクになる点は留意しておく必要があります。
