普天間高校の最大の魅力のひとつが、安定した進学実績です。毎年の卒業生の進路先には、地元最高峰の琉球大学をはじめ、九州圏および全国の国公立大学、有名私立大学がズラリと並びます。
特に琉球大学への合格者数は県内でも上位をキープしており、法文学部・教育学部・観光産業科学部・理系学部まで幅広い学部へ進学しています。さらに、名桜大学や県立看護大学といった県内公立大に加え、九州大学や熊本大学、長崎大学など本土の国公立大学へ挑戦する生徒も一定数存在します。
私立大学においても、MARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政）や関関同立（関西・関西学院・同志社・立命館）、日東駒専への合格者をコンスタントに輩出。学校推薦型選抜や総合型選抜を戦略的に活用する生徒が多く、指定校推薦枠の充実度も同校の強みとなっています。
