武州製薬の競争力の源泉は、高度な無菌管理技術と世界各国の査察（FDA、EMA、PMDAなど）をクリアする品質保証体制にあります。その心臓部を担うのが川越工場と美里工場の2大生産拠点です。
本社が置かれる川越工場（埼玉県川越市）は、固形製剤（錠剤・カプセル剤など）の製造から包装、治験薬の受託までを一気通貫で手がける主力拠点です。長年にわたるGMP基準の運用実績があり、多品種少量生産から大規模量産まで柔軟に対応できる技術力を持っています。
一方、美里工場（埼玉県児玉郡美里町）は、第一三共から譲受した経緯を持つ拠点であり、高付加価値な注射剤やバイオ医薬品の無菌充填・包装に強みを発揮しています。厳密な温度管理が求められるバイオ医薬品に対応した超低温冷蔵・冷凍倉庫（コールドチェーン）のハブ機能も拡充されており、国内のみならず環太平洋地域への供給拠点として機能しています。
