乗車・降車時の決済方法についても、事前に知っておくべきポイントがあります。岐阜バスでは、長年にわたり独自のICカードであるayuca（アユカ）が親しまれてきました。ポイント還元や独自の乗換割引など、地域密着型ならではの手厚いサービス設計が特徴です。
近年では全国相互利用の交通系ICカード（manaca、Suica、PASMOなど）の利用環境やタッチ決済の導入など、決済手段の利便性向上が進められています。ただし、保有しているカードの種類によって適用される割引条件や車内チャージの対応可否が異なる場合があるため、長距離区間を利用する際は残高確認を怠らないようにしましょう。
バス車内での小銭両替は停車中の時間ロスや遅延の拡大に直結するため、乗車前に残高をチャージしておくか、小銭を用意しておくことがマナーとしても移動の円滑化につながります。
