岡山理科大学附属を語る上で外せないのが、全国屈指のレベルを誇る部活動です。中でも岡山理大附属の野球部実績は輝かしく、甲子園春夏通算出場回数や1999年夏の全国高校野球選手権大会での準優勝など、岡山県高校野球界を牽引してきた伝統を持ちます。
プロ野球選手や社会人野球で活躍するトップアスリートも多数輩出しており、専用グラウンドや雨天練習場といった充実のハード面が整っています。野球部だけでなく、ソフトテニス部や体操部なども全国大会の常連であり、トップレベルの競技力を目指す生徒と学業を両立させる仕組みが整えられています。