近年の古人類学で最大のパラダイムシフトとなったのが、2010年以降の古代DNA解析技術の飛躍的進歩です。スヴァンテ・ペーボ博士（2026年ノーベル生理学・医学賞受賞）らの研究により、ホモ・サピエンスがアフリカを出た直後、中東やユーラシア各地でネアンデルタール人やデニソワ人と日常的に接触し、子どもをもうけていたことが決定的となりました。
現在生きているアフリカ系以外の人類のゲノムには、約1〜2％のネアンデルタール人由来のDNAが含まれています。さらに、パプアニューギニアやオーストラリア先住民などオセアニア地域の集団には、最大4〜6％のデニソワ人DNAが受け継がれていることが判明しています。
これら古代人類から受け継いだ遺伝子は、単なる名残ではありません。例えばチベット高地の人々が低酸素環境に適応できるのはデニソワ人由来の遺伝子（EPAS1）のおかげであり、私たちの免疫システムの強化や皮膚の構造維持にもネアンデルタール人の遺伝子が大きく寄与しています。
では、なぜ彼らは絶滅したのか。ネアンデルタール人の絶滅理由については、単純な知能の優劣ではなく、「急激な気候変動」「個体群の小規模さによる遺伝的多様性の欠如」「サピエンスが構築した広域社会ネットワークとの競争」などが複合的に重なった結果だと考えられています。彼らは完全に滅び去ったのではなく、遺伝子の一部を私たちの中に溶け込ませて生き続けているのです。
