体調不良を覚えた際、多くの人が直面するのが診療科の選択肢です。アレルギー科と内科の違いを一言で表すと、「臓器別の対症療法を行うか、アレルギーという全身疾患として捉えるか」にあります。内科は風邪や感染症、生活習慣病などを幅広く診療しますが、アレルギー反応による特殊な病態に対しては対症薬の処方にとどまる場合があります。一方、アレルギー科は免疫システムの過剰反応を特定し、抗原（アレルゲン）の回避指導や体質改善を見据えた根本的アプローチを得意とします。
また、アレルギー科と耳鼻咽喉科の比較においては、鼻や喉の局所的な構造（鼻中隔湾曲症やポリープなど）の物理的処置や手術を伴う処置が必要な場合は耳鼻咽喉科が適しています。しかし、「花粉症の時期になると目のかゆみや皮膚の荒れ、咳も同時に出る」といった複数部位にまたがるアレルギー症状を抱えている場合は、アレルギー科が一括してトータルマネジメントを行うことで薬の重複を防ぎ、最適な処方設計を組むことが可能です。
肌トラブルにおいてアレルギー科と皮膚科のどっちを受診すべきかという悩みも頻出します。明らかな外因性湿疹や一時的な肌荒れ、感染性皮膚疾患（ヘルペスや水虫など）であれば皮膚科の領域ですが、特定の食事や環境刺激によって繰り返す蕁麻疹やアトピー性皮膚炎のように、アレルギー機序が深く関与しているケースではアレルギー科でのアレルゲン同定が症状改善の突破口になります。
