物語の引き金となったのは、世界最大のスポーツの祭典「WSG東京」の開会式に合わせて開発された、最高時速1,000kmで新名古屋駅と芝浜駅を結ぶ「真空超電導リニア」の開通式です。鈴木財閥を含む大会スポンサー企業のトップが次々と拉致される連続誘拐事件が発生し、現場には15年前にアメリカ・ボストンで起きた「WSG連続拉致事件」と酷似した手口が残されていました。
当時、ボストンで起きた事件はFBIが管轄し、パチンコチェーンの創業者・石原誠が犯行を自供したものの、連邦証人保護プログラムのもとで証言直前に命を落としています。今作で起きた事件の黒幕は、WSG組織委員会広報担当の白鳩舞子、そしてリニアのチーフエンジニアである井上治の2人でした。
彼らが周到なテロを企てた犯人の動機は、15年前の冤罪とFBIへの凄まじい怨恨です。井上治の父親こそが無実の罪を着せられた石原誠であり、白鳩舞子は当時殺害された被害者の愛娘でした。二人は真犯人が別にいると確信しながらも、自白を強要し事件を幕引きにした当時のFBI長官アラン・キケンジ（現・国際WSG協会会長）を標的とし、リニアという密室で社会的・物理的な抹殺を企てたのです。
さらに事件を複雑化させたのが、15年前の事件で司法取引により生き延び、現在は変名を使って暮らしていた元医療機器メーカー幹部のジョン・ボイドの存在でした。犯人グループは病院のMRI室でクエンチ現象（超電導状態の崩壊と液体ヘリウムの気化）を人工的に引き起こして要人を昏睡させ、リニア内へとアラン会長を追い詰めていきました。国家的プロジェクトの象徴をテロの舞台へと転化させた狂気の計画は、組織の保身に人生を奪われた遺族の悲劇的な怨嗟から生まれたものでした。
