2階の同じ新南コンコースに並んでいるため、多くの利用者が混同しやすいのが「ミライナタワー改札」「新南改札」「甲州街道改札」の3つです。それぞれの位置関係と特徴を整理しました。
・ミライナタワー改札（東向き）：改札を出ると目の前が「NEWoMan新宿」のエントランスおよびオフィス棟「JR新宿ミライナタワー」のロビーです。JR新宿ビルやタカシマヤ タイムズスクエアへの連絡通路にも直結しています。
・新南改札（南向き）：3つの改札の中で最も広く、正面に高速バスターミナル「バスタ新宿」のメインエントランスと「Suicaのペンギン広場」が広がります。
・甲州街道改札（北向き）：甲州街道（国道20号）の歩道に面しており、従来の南口・東南口方面やルミネ新宿へ平面移動でアクセスしたい場合に適しています。
いずれの改札も同じ2階コンコース内にあるため、万が一別の改札から出てしまっても徒歩1分以内でリカバリー可能です。ただし、NEWoMan館内の店舗やミライナタワー内のオフィスへ向かう場合は、最初からミライナタワー改札を通るのが最短動線となります。
