毎月の給与から天引きされる健康保険料にも、両者の間には無視できない格差が存在します。協会けんぽの保険料率は都道府県ごとに異なり、全国平均でおよそ10.0%前後で推移しています。原則として労使で50%ずつ（完全折半）負担するため、個人の実質負担率は約5.0%です。
一方、組合健保の保険料率は3.0%〜13.0%の範囲内で組合ごとに独自設定できます。財政が健全な大手企業の組合では、保険料率そのものを7%〜8%台と低く抑えているところが少なくありません。
さらに注目すべきは「会社負担割合」です。法律上、企業側は保険料の50%以上を負担すればよいため、大企業の中には福利厚生の一環として「会社が60%、社員が40%」あるいは「会社が70%、社員が30%」といった手厚い傾斜配分を採用しているケースがあります。保険料率自体が低い上に会社負担割合が大きい場合、協会けんぽ加入者と比較して月々の手取り額が数千円から1万円以上多くなるケースも珍しくありません。
