東京（羽田・成田）や大阪（関空）など主要都市からのアクセス面では、両島ともに直行便が就航しており、移動ストレスに大きな差はありません。宮古島には宮古空港に加えて下地島空港があり、LCCを含めた選択肢が充実しています。石垣空港（南ぬ島石垣空港）も路線網が強固で、直行便の本数が多いのが特徴です。
注意したいのが「レンタカーの必要性」です。宮古島は公共交通機関が限られており、島内観光を楽しむならレンタカーがほぼ必須となります。石垣島も島内観光には車が便利ですが、市街地滞在や離島巡りが中心であれば、路線バスや港への送迎、タクシーを組み合わせることでノードライブでも旅行を成立させやすい利点があります。
また、南国特有のスコールや雨の日の過ごし方にも差が出ます。宮古島はインドアの大型観光施設が限られるため、雨天時はリゾートホテルでの滞在やカフェ巡りが中心になりがちです。一方の石垣島は、「石垣島鍾乳洞」や「みんさー工芸館」、やいま村での文化体験、ユーグレナモールでのアーケード散策など、天候に左右されずに遊べるスポットが充実しています。
