寺社巡りの大きな楽しみである御朱印に関しても、願昭寺では力強い墨書が特徴的な御朱印を授与していただくことができます。中央には堂々たる筆致で「倶利加羅不動尊」や「本尊尊名」が揮毫され、炎を象った不動尊の宝印が押印されます。
御朱印をいただく際は、まず本堂にてしっかりと本尊への参拝を済ませることが礼儀です。授与所（寺務所）にて初穂料（納経料）を納めて拝受します。なお、山内の法要や祈祷のスケジュールによっては、書置き（紙での授与）の対応になる場合や、寺務所の受付時間が前後することがあります。御朱印帳を持参する際は、すぐに開けるよう準備を整えておくとスムーズです。
また、交通安全や厄除け、家内安全を願うお守りや護符の授与も行われており、遠方から護摩祈祷や厄払いに訪れる参拝者からも厚い信頼を寄せられています。
