体組成を語る上で混同されやすい指標が「骨格筋率」と「筋肉量」です。体内に存在する筋肉は、大きく分けて以下の3種類が存在します。
1つ目は骨格に付着して身体を動かす骨格筋、2つ目は心臓を動かす心筋、そして3つ目は血管や胃腸などの内臓を構成する平滑筋です。体組成計で表示される「筋肉量」はこれら3つすべてを合計した絶対的な重量（kg）を指します。
一方、骨格筋率とは「体重のうち、骨格筋の重さが占める割合（％）」を指します。日常的な運動や筋力トレーニングによって増減させられるのは主にこの骨格筋です。運動指導やボディメイクの現場で骨格筋率が重視されるのは、自らの努力でダイレクトに変化を促せる筋肉の指標だからです。
骨格筋率の算出には、一般的に「（骨格筋重量 ÷ 体重）× 100」という計算式が用いられます。家庭用の体組成計では、体に微弱な電流を流して電気抵抗値を計測する生体インピーダンス法（BIA法）が主流です。筋肉は水分を多く含むため電気を通しやすく、脂肪は電気を通しにくいという性質を利用して推計されています。
