およそ1500年もの長きにわたり栄華を極めた三内丸山遺跡ですが、紀元前2300年頃（縄文時代中期末）になると、人々の気配が集落から急速に消え去ります。インターネット上や一部の俗説では「未知の感染症による全滅」や「他部族との激しい戦争による滅亡」といったセンセーショナルな言説が散見されますが、発掘調査報告書および現地調査のデータはそのような見方を明確に否定しています。
人骨に武器による殺傷痕は見当たらず、住居が一斉に焼き払われた形跡もありません。研究者の間で最も有力視されている三内丸山遺跡の衰退理由は、地球規模で発生した急激な気候変動と、それに伴う集落のキャリングキャパシティ（環境収容力）の限界です。
古気候学のデータによると、完新世の温暖期（縄文海進）が終わりを告げたこの時期、世界的な寒冷化現象（いわゆる「4.2kaイベント」）が列島を襲いました。平均気温が1〜2度低下したことで陸奥湾の水深が後退し、集落を支えていたクリ林の実りが激減。さらに、寒冷化によってブナやコナラなどの落葉広葉樹林の植生分布が南下・変化したため、周辺の動植物資源が急減したことが判明しています。
人口が密集しすぎた巨大集落のままでは、縮小した食料基盤を維持できなくなりました。当時の縄文人たちは争い合って自滅する道を選ばず、巨大な共同体を解体し、数家族単位の小規模な集落へと分散して森や海岸沿いへと移住していきました。破滅的な滅亡ではなく、環境の変化に柔軟に適応するための「平和的かつ計画的な集落放棄」こそが、三内丸山遺跡が歴史の表舞台から静かに姿を消した真相です。
