高校選びの最初のハードルとなる学力水準において、佐賀県立佐賀東高等学校の偏差値は46〜51前後で推移しています。学内には大学進学を主軸に置く「特進コース（クラス）」と、多様な進路や部活動への注力を視野に入れた「普通コース」が編成されており、目指すコースによって求められる学力帯に開きがあります。
佐賀県教育委員会が公表する入試統計資料によると、一般選抜における佐賀東高校の入試倍率は例年1.0倍〜1.2倍前後で推移しており、極端な高倍率ではないものの、定員割れを起こすことなく手堅い志願者数を維持しています。特に推薦入試（特色選抜）では、サッカー部をはじめとする重点強化部活動の実績を持つ生徒が集まるため、志向に応じた選抜競争が展開されます。
県内の公立普通科高校の中では「中堅上位〜標準クラス」に位置づけられており、中学校での定期テスト平均点以上を確実にキープしつつ、基礎的な学力を定着させておくことが合格への確実なステップです。
