予約時に最も多くの人が戸惑うのが、運賃と指定席料金の計算ロジックです。アンパンマン列車に乗車する場合、基本となるのは「乗車券＋指定席特急券」の組み合わせですが、列車種別によって追加料金の扱いが分かれます。
土讃線や予讃線に設定されているアンパンマンシート料金は、基本的に通常の「普通車指定席特急料金」と同額に設定されています。特別なプレミアム加算料金は設定されていないため、きっぷの購入自体は通常の指定席特急券と同じ費用感で利用可能です。一方、瀬戸大橋アンパンマントロッコに乗る場合は、乗車券のほかに普通列車指定席券（大人530円／小児260円）が別途必要となります。
確実性を高めるアンパンマン列車予約方法としては、JR西日本のネット予約サービス「e5489」の事前申込機能を活用するのが定石です。発売日当日の10時ジャストに決済処理が実行されるため、窓口に並ぶよりも確保率が上がります。駅の指定席券売機を利用したアンパンマン列車きっぷ買い方では、画面上で「アンパンマン」の専用表示を選択しないと一般席が発券されてしまうため、操作時の確認を怠らないようにしてください。
