「かつお食堂」を訪れる上で最も重要な関門が、入店システムの理解です。店舗では事前のWeb予約や電話予約は一切受け付けておらず、当日の朝に配布される整理券（または店頭記帳）によって当日の案内順が決定します。
一般的な営業日における整理券の配布開始は朝8:30〜9:00前後が目安となっています。ただし、土日祝日や観光シーズンには配布開始前の朝8時前から並びが発生することも珍しくありません。整理券には指定の集合時間帯が記載されており、その時間に合わせて再来店するシステムです。
代表者のみの並びや割り込みは厳禁となっており、グループ全員で列に並ぶのが基本ルールです。整理券を受け取った後は指定時間まで周辺のカフェなどで待機できるため、店頭で何時間も立ち尽くす負担は軽減されていますが、午前中の早い時間帯に当日分の整理券が終了するケースも多いため、確実に入店したい場合は朝一番の行動が鉄則となります。
