発売から40年の歳月を経た2013年、『ひこうき雲』はスタジオジブリ映画『風立ちぬ』（宮崎駿監督）の主題歌に抜擢され、再び国民的な大ヒットを記録しました。
起用のきっかけは、プロデューサーの鈴木敏夫が2012年の記者発表の場で、ジブリ作品の世界観と親和性の高い楽曲として『ひこうき雲』を挙げたことでした。ゼロ戦の設計者・堀越二郎の半生と、結核に侵された薄幸のヒロイン・菜穂子の儚い純愛を描いた『風立ちぬ』のプロットは、まさに「美しき飛行機への憧れ」と「若き命の喪失」という『ひこうき雲』の根底にあるテーマと奇跡的な一致を見せていたのです。
宮崎駿監督自身も楽曲が持つ圧倒的な映像喚起力と死生観に強く共鳴し、「この映画にはこの曲しかない」と確信を持って主題歌に決定しました。劇場のスクリーンで飛行機が空を駆ける映像とともに流れるユーミンの歌声は、過酷な大正・昭和初期の時代を精一杯に生きた若者たちへの最高のレクイエムとなりました。
