両院の最大の違いは、医療機関としての「設立目的と役割の力点」にあります。癌研有明病院（公益財団法人がん研究会）は、1934年に日本初の癌専門病院として開設されて以来、「がん患者本位の高度な臨床と手術」を極限まで追求してきた民間の専門病院です。患者受け入れのキャパシティが大きく、診断から治療、術後のリハビリやケアに至るまでのシームレスなチーム医療に定評があります。
一方の国立がん研究センター（中央病院：東京都中央区築地／東病院：千葉県柏市）は、国立研究開発法人として「日本の高度がん医療の開発と国の指針策定」を担うナショナルセンターです。標準治療の確立はもちろんのこと、まだ世に出ていない新薬の治験（早期第I相・第II相試験）や、遺伝子変異に合わせたプレシジョン・メディシン（がんゲノム医療）の牽引役としての性格が色濃く現れています。
