日本国内で野生のマンタに出会うなら、世界屈指の遭遇率を誇る沖縄県・石垣島が筆頭候補です。なかでも川平（かびら）沖に位置する「川平石崎マンタスクランブル」や「マンタシティポイント」は、世界中からダイバーが集まる聖地として知られています。
年間を通して観察できる石垣島ですが、遭遇率が最も高まるベストシーズンは秋（9月〜11月）です。この時期は繁殖期と重なり、クリーニングステーションに複数のマンタが集結して求愛行動（トレイン走行）を繰り広げる圧巻のシーンに出会える確率が上がります。夏場の台風シーズンが落ち着くタイミングでもあり、海況の安定度が高い点も魅力です。
ダイビングライセンスを持たない初心者や家族連れには、夏（7月〜8月）のシュノーケリングツアーが最適です。水面近くまでプランクトンを食べに浮上してくるマンタを水上から観察でき、透明度の高い夏の美ら海を満喫できます。
観察時には、地域の保全ルールを守ることが絶対条件です。「マンタの上にかぶさらない」「触らない・追いかけない」「クリーニングステーションの根の上に乗らない」といったマナーを徹底することで、マンタが警戒せずに長くその場に留まってくれます。
