私立高校を選択する上で避けて通れないのが学費の問題です。常磐大学高校の初年度納入金は、入学金、授業料、施設設備費、諸会費を合算しておよそ80万〜90万円程度となっており、茨城県内の私立高校の平均的な水準に位置しています。
2年目以降は年間で約55万〜65万円程度の学費および積立金等が発生しますが、国が実施する「高等学校等就学支援金制度」や茨城県独自の授業料減免制度を活用することで、世帯年収に応じた実質負担額の大幅な軽減が可能です。
さらに見逃せないのが、学業成績やスポーツ実績に優れた生徒を対象とした独自の奨学生制度（特待生制度）です。入試成績上位者に対して「入学金全額・半額免除」や「授業料相当額の給付」が行われる区分が用意されており、公立高校進学と遜色ない学費負担で充実した私立の教育環境を享受する生徒も多く存在します。
