新潟大学医歯学総合病院を初めて受診する際、最も注意しなければならないのが「予約ルート」と「紹介状（診療情報提供書）の有無」です。国が推進する医療機能の分化方針に基づき、同院は高度医療に専念する「特定機能病院」に指定されています。そのため、原則として患者個人が直接初診予約を取ることはできず、かかりつけ医（地域の病院・クリニック）を通じた医療連携枠での予約が基本動線となります。
かかりつけ医を受診した際、医師が必要と判断した場合に「地域医療連携室」経由で新潟大学医歯学総合病院の初診予約日時が確定し、紹介状を受け取って当日来院する形になります。このステップを踏むことで、初診当日の手続きが円滑化され、優先的な枠組みで診療を受けることが可能になります。
一方で、紹介状を持たずに直接来院して初診を受けることも制度上は不可能ではありませんが、大きなペナルティが発生します。それが「初診時選定療養費」です。保険診療の自己負担分（3割など）とは完全に別枠で、全額自己負担の定額料金が上乗せされます。
公式発表および国の定額負担基準に基づき、同院における紹介状なしの初診時選定療養費は医科で7,700円（税込）、歯科で5,500円（税込）となっています。さらに、状態が安定して他院への紹介を受けたにもかかわらず本人の希望で通院を続けた場合には、再診時選定療養費（医科3,300円／歯科2,090円など）が受診ごとに加算されます。経済的な無駄を防ぐためにも、まずは近隣のクリニックを受診し、紹介状を取得することが鉄則です。
