本土側の発着拠点となるのは、鹿児島市街地や南九州道からのアクセスに優れた串木野新港（いちき串木野市）です。フェリーは1日2往復を基本ダイヤとして、甑島列島の主要港を結んでいます。
運航ルートは便によって寄港順が異なります。朝の第1便は「串木野新港発 ➔ 里港（上甑島）➔ 鹿島港（下甑島）➔ 長浜港（下甑島）」と島々を北から南へ巡り、午後の第2便は「串木野新港発 ➔ 長浜港 ➔ 鹿島港 ➔ 里港 ➔ 串木野新港着」のように逆順または直行便を交えた効率的なローテーションが組まれています。
串木野新港から上甑島の里港までの所要時間は約1時間15分、下甑島の長浜港までは直行便で約1時間50分（経由便で約2時間15分）となります。ドック期間（定期検査）中や荒天期には特別ダイヤが適用される場合があるため、乗船前には必ず最新の発着時刻を確認してください。
