山本の2歳年上の兄である山本亮介（やまもと りょうすけ）も、かつては子役・タレントとして芸能活動を行っていました。兄弟そろって整った顔立ちと高い表現力を持ち、幼少期には児童劇団等を通じて活動していた経歴を持ちます。
しかし、兄の亮介は成長の過程で自らの適性を見極め、俳優の道を突き進む弟・耕史とは異なる進路を選択し、芸能界の表舞台から身を引きました。引退後は一般社会でキャリアを築きつつ、弟の舞台や出演作を静かに応援する良き理解者であり続けています。
ネット上では同姓同名の若手俳優と混同される誤認が散見されますが、山本の兄はすでに民間企業で自立した生活を送る一般人です。幼少期に同じ芸能という特殊な世界を垣間見たからこそ共有できる兄弟の絆は深く、山本が壁にぶつかった際も、利害関係のない純粋な肉親として精神的な支えとなってきました。
