大三東駅への鉄道アクセス路となる島原鉄道（通称・しまてつ）は、JR長崎本線と接続する諫早（いさはや）駅から島原港駅までを結ぶローカル私鉄です。列車の運行本数は日中おおむね1時間に1〜2本程度となっており、都市部の鉄道と比べると本数が限られているため、綿密な時刻表のチェックが欠かせません。
主な区間の所要時間と運賃の目安は以下の通りです。
・諫早駅 〜 大三東駅：普通列車で約1時間（運賃：片道1,320円前後）
・島原駅 〜 大三東駅：普通列車で約10〜15分（運賃：片道320円前後）
のんびりと島原半島を巡るなら、島原鉄道の列車や路線バスが乗り放題になる「しまてつ1日フリーきっぷ」（大人1,500円前後）などの企画乗車券を活用するのが経済的でおすすめです。列車が駅に進入してくる瞬間と海の組み合わせは格好のシャッターチャンスとなりますが、撮影に夢中になって黄色い線の外側へ出たり、運行の妨げになる行為は厳に慎まなければなりません。
