私立高校進学にあたって最もシビアに比較されるのが杜若高校の学費です。初年度にかかる主な費用目安は次のようになっています。
入学金（約200,000円）、授業料（年額約420,000円〜450,000円）、施設設備費、PTA会費、修学旅行積立金、制服・指定品・教科書代などを合算すると、初年度の総納付額は約85万〜95万円前後となります。
ただし、ここで重要なのが国の「高等学校等就学支援金」および愛知県独自の「私立高等学校等授業料軽減補助金」の存在です。愛知県では私立高校授業料の実質無償化基準が段階的に拡大されており、世帯年収（目安年収約840万円未満の世帯など）や兄弟姉妹の条件に応じて、授業料の全額または大部分が助成対象となります。
実質的な自己負担は施設費や積立金、部活動費などが中心となるため、かつてのような「私立＝極端に高額」というハードルは大きく下がっています。特待生制度（学業特待・スポーツ特待）による授業料免除枠も設けられており、実力次第でさらに学費を抑えることが可能です。
