深谷市役所本庁舎は、交通アクセスの良さも大きな利点です。鉄道を利用する場合、JR高崎線「深谷駅」（北口）から徒歩で約10分〜12分ほど。駅舎自体が東京駅を模した赤レンガ風の美しい建築物となっており、駅から市役所までの道のりも街並みの情緒を楽しみながら歩くことができます。
歩行が難しい方や雨天時には、深谷駅北口から運行されているコミュニティバス「くるリン」の利用が便利です。市役所正面のバス停留所まで数分でダイレクトにアクセスできます。
車でアクセスする場合、関越自動車道「花園IC」から国道140号・17号を経由して約15〜20分です。市役所敷地内には普通車200台以上を収容可能な大型の無料駐車場が完備されています。思いやり駐車場（車椅子・お身体の不自由な方・妊産婦向け優先スペース）や、電気自動車（EV）用急速充電スタンドも整備されており、来庁者が安心して利用できる環境が整っています。
平日の午前中やイベント開催時は駐車場がやや混み合うこともありますが、誘導員が配置されている時間帯も多く、スムーズに案内を受けられます。
