新劇場版シリーズ、特に『シン・エヴァンゲリオン劇場版』では、「リリン」というワードがより象徴的な役割を果たしました。
「ネブカドネザルの鍵」を使って人外の存在へと変貌を遂げ、アディショナル・インパクトを主導した碇ゲンドウは、劇中で冬月コウゾウやWILLE（ヴィレ）のクルーから「リリンの王」と称されます。人間としての限界を超越し、知恵の実と生命の実を併せ持つ神に近い存在へ至りながらも、その動機は「妻・ユイにもう一度会いたい」という、あまりにも人間的（リリン的）な執念でした。
最終的にシンジが下した決断は、エヴァも使徒も存在しない、人々が弱さを抱えたまま生きていける「リリンの世界（現実世界）」の再構築でした。このラストシーンによって、長年紡がれてきたリリンの物語は真の決着を迎えました。
